北京办理境外投资备案的流程主要包括以下几个步骤：

准备申请材料：企业需要准备一系列申请材料，包括项目申请报告、公司营业执照、董事会决议或股东大会决议等。所有电子版文件需加盖公章。

提交申请：企业可以通过北京市发展改革系统网上政务服务平台进行注册申请，并填写相关信息和上传材料。如果不具备电子签章，可以将申请材料经电子签名或者加盖电子印章方式提交；尚不具备电子签章的，可以将申请材料加盖本单位公章后扫描成PDF格式上传。

审核与受理：市发展改革委收到投资主体申请后，将审查申请材料是否齐全、合法有效，是否符合国家和本市的相关规定。如审查通过，将在线予以受理，并完成备案。

领取备案证书：备案审核通过后，企业可以到指定的地点（如北京市政务服务中心）领取《企业境外投资证书》和《境外投资项目备案通知书》(或《境外投资核准证书》)。

变更与管理：如果企业在境外投资过程中发生变更（如增资、减资、投资主体变更等），需要按照相关规定及时办理变更手续。同时，企业应遵守东道国法律法规及国际惯例，履行社会责任，做好风险防范。

需要注意的是，不同地区和行业的具体备案流程可能有所不同，因此在实际操作中可以咨询北京金九国际咨询服务有限公司以获取准确的信息。此外，对于涉及敏感国家和地区、敏感行业的境外投资，还需要特别注意相关风险和合规要求。