南京企业境外投资备案是指企业在进行境外投资前，根据相关法律法规的规定，向有关部门进行备案登记的程序。以下是对南京企业境外投资备案的流程和注意事项的介绍：

准备材料：企业在进行境外投资前，需要准备一系列材料，包括但不限于企业的基本信息、投资项目的详细情况、投资金额、投资方式等。还需要提供相关的证明文件，如企业营业执照、法人代表身份证明、投资协议等。

提交申请：准备好所有材料后，企业需要将这些材料提交给南京市商务局或国家发展和改革委员会（NDRC）进行备案申请。申请材料需按照要求进行归档整理，并填写相应的申请表格。

审核备案：南京市商务局或NDRC将对提交的备案申请进行审核。审核内容主要包括投资项目的合规性、资金来源的合法性、投资方案的可行性等。

领取证书：审核通过后，企业将获得境外投资备案证书。这是企业进行境外投资的重要凭证，需要妥善保管并在投资过程中随时准备出示。

总的来说，南京企业进行境外投资备案是一个复杂但必要的过程，涉及多个步骤和注意事项。企业应充分了解相关政策和法规，确保投资项目的合规性和安全性，以便顺利完成备案并开展境外投资活动。