重庆企业进行境外投资备案的流程如下：

准备申请资料：

企业营业执照副本。

投资项目的可行性研究报告。

境外投资计划书，包括拟投资国家或地区的市场分析、项目概述等。

企业新的财务报表。

股东会决议或董事会决议（视具体情况而定）。

如果涉及并购类对外投资，还需要提交尽职调查报告和《境外并购事项前期报告表》。

其他可能需要的文件，如融资担保协议等。

提交申请：

登录商务部业务系统统一平台（企业端），进入“对外投资合作信息服务”模块。

在线填写并提交《境内主体信息表》和《境外投资备案表》。

将所有备案材料扫描成PDF格式，并通过该平台上传。

审核备案：

重庆市商务委员会将对提交的申请材料进行审查。

审查内容通常包括但不限于投资项目是否符合国家政策、资金来源合法性、投资方信誉等。

若在审核过程中发现问题，企业需按要求补充材料或提供进一步解释说明。

备案登记：

审核通过后，重庆市商务委员会将为企业办理境外投资备案登记。

企业将获得《企业境外投资证书》，作为其合法开展境外投资活动的凭证。

后续监管：

企业应按照规定定期向相关部门报告境外投资情况。

遵守中国及投资目的地的相关法律法规，确保投资行为合法合规。

需要注意的是，实际操作中可能会有一些特定的要求或变化。因此，在启动正式流程之前，可以咨询北京金九国际咨询服务有限公司，以确保所有步骤准确无误地完成。