企业境外投资备案的在线申请流程主要包括登录系统、填报信息以及提交材料等步骤。以下是具体分析：

登录系统：企业需要登录全国境外投资管理和服务系统，注册账号并填报项目信息。对于新设项目，中方投资额1000万美元以上的项目需要属地发改部门审查并盖章后扫描上传。

填报信息：企业需在系统中按要求填写《境外投资备案表》或《境外投资申请表》，包括投资路径、境外企业名称（中英文）、终目的地（中英文）、设立方式、经营范围和所属行业等信息。

提交材料：企业将有关纸质材料以PDF、图片（含jpg,gif,jpeg,png,bmp）、压缩文件（含zip,rar）等符合系统格式要求的文件在应用系统上传提交。

审核与批复：发改部门对申报材料进行审核，审核通过后出具《项目备案通知书》或核准文件。商务部门对企业提交的备案申请进行审核，符合条件的颁发《企业境外投资证书》。

外汇登记：企业将发改委的《项目备案通知书》、商务部的《企业境外投资证书》以及其他相关材料提交至银行（外汇指定银行），进行外汇真实性审核后办理境外直接投资外汇登记手续。

后续操作：企业获得境外投资外汇登记证后，方可进行境外投资资金的汇出等操作。

总的来说，企业在办理境外投资备案时，建议详细咨询当地的相关部门，了解具体的办理流程和要求，以确保备案工作的顺利进行。