企业进行外债备案登记的申请流程主要包括以下几个步骤：

准备材料：企业需根据要求准备一系列申请材料，这些材料通常包括但不限于企业营业执照、法定代表人身份证明文件、借款合同及还款计划、企业发行外债信息报送表等。不同情况和不同地区可能会有具体差异，因此建议提前咨询当地发改部门或访问国家发改委的官网获取新的《企业借用外债备案登记办事指南》。

线上申请：目前，多数情况下企业需要通过国家发改委的外债备案登记网站进行在线申请。登录系统后，企业需要在线填写申请表格，并上传已准备好的所有相关材料。确保所有信息和材料的真实性、准确性和完整性。

形式审查：政务服务大厅或相应窗口的工作人员会对提交的申请材料进行形式审查，确认材料是否齐全且符合规定格式。如果材料不完整或不符合要求，会通知企业补全或更正。

实质审查：通过形式审查后，国家发改委或其指定的承办司局将进一步对申请材料的内容进行实质审查。这一阶段可能会有反馈意见，要求企业提供额外信息或澄清某些问题。

备案决定：审查合格后，国家发改委将作出备案决定，并通知企业。如果申请被接受，企业将获得相应的备案证明或登记文件。

后续报告：企业完成每期外债发行后，通常需要在10个工作日内向国家发改委报送发行信息，包括实际借款金额、利率、期限等详细情况。

注意事项：在整个过程中，企业应确保遵守相关规定，未经过备案登记的境外借款可能会导致法律风险和处罚。同时，对于一些特殊情况，如境内金融机构向境外投资者转让不良债权，可能还有特定的申请流程。

由于政策可能会有变动，建议企业在申请前，直接访问国家发改委网站或联系当地发改部门获取新、准确的指导信息。