EDI许可证的办理时间会根据不同的因素有所变化，包括所在地区、材料准备情况、审批部门的工作效率等。以下是一般情况下的时间估计：

深圳：有信息指出，深圳的EDI证大约1个月可以审批完成。

上海：上海的申请流程可能需要1-3个月的时间。这包括了材料准备阶段（1-2周）、提交申请后的初审（5个工作日）、审核阶段（1-2个月），以及公示与取证阶段（公示期10天）。

一般情况：通常从提交完整申请到拿到EDI许可证大约需要1-3个月的时间，即20到60个工作日。如果通过的代理服务来办理，可能会加速整个过程。

影响办理时间的关键因素包括材料的完整性、是否需要补充材料、审批部门的工作效率和地区政策等。因此，为了确保顺利并尽可能缩短办理时间，建议提前准备好所有所需材料，并确保其真实有效。此外，选择经验丰富的代理机构可以帮助企业更高效地完成申请流程。