北京企业进行境外投资备案的流程主要包括以下几个步骤：

准备材料：

企业需准备好所有需要提交的电子版文件，并加盖公章。

确保所有上传的电子版文件请务必加盖公章。

选择办理地点：

根据企业的注册地或所属区域，选择合适的办理地点。例如，朝阳区、海淀区、通州区等区域的企业在所属区的商务局（金融办）办理。

中央企业报商务部备案，地方企业报所在地省级商务主管部门备案。

在线申请：

北京市已搭建境外投资网上备案平台，实行“一口受理”。企业可以通过该平台进行注册申请、信息填报和材料上传。

登录北京市发展改革系统网上政务服务平台，进行备案申请。

审核与受理：

市发展改革委收到企业申请后，将审查申请材料是否齐全、合法有效，是否符合国家和本市的相关规定。

如审查通过，将在线予以受理，并完成备案。备案结果将短信告知。

领取证书：

备案（核准）申请通过后，企业可自行在商务部“对外投资合作信息服务系统”中查询备案（核准）结果。

凭借回执中提示信息及相关材料至主管部门领取《企业境外投资证书》或《境外投资项目备案通知书》(或《境外投资核准证书》)。

变更手续：

企业境外投资经备案（核准）后，原《证书》载明的境外投资事项发生变更的，企业应当按照本章程序向原备案（核准）的商务部或省级商务主管部门办理变更手续。

请注意，以上流程可能因政策调整而有所变化，建议企业在实际操作前咨询相关部门或查阅新政策文件。同时，企业在办理过程中应确保所有材料的真实性和完整性，以免影响备案进度。