深圳企业境外投资备案的全程办理流程可以细分为以下几个关键步骤：

确定申报路径：

中方投资额3亿美元及以上的深圳企业，需在国家发改委办理境外投资备案。

中方投资额在3亿美元以下的深圳企业，在深圳市发改委办理境外投资备案。

提交申请：

申报单位登录全国境外投资管理和服务网络系统（新用户需注册，并通过审核），在线填写申请表单，上传规定格式的申请材料。

常见的申请材料包括《境外投资备案表》、投资主体身份文件（如营业执照）、公司董事会决议或相关的出资决议、投资主体及合作外方资产、经营和资信情况的文件（如经审计的财务报表等）、中外方签署的意向书或构架协议等文件，以及发改委或商务部门要求的其他材料。

审核与通知：

审核通过后，企业将获得相应的备案通知书。

提交申请：

深圳企业向省级商务主管部门（如广东省商务厅）提交申请材料。

对于涉及能源、矿产类境外投资，需征求我驻外使（领）馆经济商务参赞处（室）的意见。

对于矿产资源勘查开发类境外投资，需征求国内有关商会、协会的意见。

审核与发证：

商务部门核准或备案后，发放《企业境外投资证书》。企业应在收到证书2年内在境外开展投资。

外汇登记：

投资金额500万美金以上的，需向外汇管理部门（外管局）汇报。

外管局审核后，向境内企业发放《境外直接投资外汇登记证》。

资金出境：

银行在办理外汇支付时，需根据《境外直接投资外汇登记证》和相关手续进行外汇的划转和监管。

时间要求：

商务部门和发改部门的办理没有先后顺序且不互为前置条件，企业可并行办理。

中方投资额3亿美元以下的境外投资项目，深圳市发改委自决定受理之日起7个工作日内作出备案；特别复杂的可延长10个工作日。

中方投资额3亿美元及以上的项目，以及涉及敏感国家、地区或敏感行业的项目，需转报国家发改委进行备案或核准。

材料准备：

企业应确保提供的材料齐全、真实，并符合相关规定。

如果企业境外投资涉及敏感国家和地区、敏感行业的，需要实行核准管理，所需材料可能会有所不同。

有效期：

《企业境外投资证书》的有效期一般为两年，企业应在有效期内开展相应的境外投资活动。

，深圳企业境外投资备案的全程办理涉及发改委、商务部和外汇管理局等多个部门，企业需要按照相关规定提交申请材料，并耐心等待审核结果。在整个过程中，企业应保持与相关部门的密切沟通，确保备案流程的顺利进行。